সুন্দরবন ম্যানগ্রোভ অঞ্চলে ৩টি ইকোলজিক্যাল জোন রয়েছে: উপকূলীয়, মধ্যবর্তী এবং অভ্যন্তরীণ অঞ্চল। এই জোনগুলো মূলত লবণাক্ততা, জোয়ার-ভাটা এবং মিষ্টি পানির প্রাপ্যতার ভিত্তিতে ভাগ করা হয়েছে। 
উপকূলীয় অঞ্চল: এখানে নোনাপানির প্রভাব সবচেয়ে বেশি এবং লবণ সহিষ্ণু উদ্ভিদ যেমন কেওড়া, গোনপাতি, এবং সুন্দরী গাছ বেশি দেখা যায়।
মধ্যবর্তী অঞ্চল: এই অঞ্চলে নোনাপানির প্রভাব তুলনামূলকভাবে কম থাকে এবং নোনা ও মিষ্টি পানির মিশ্রণ দেখা যায়। এখানে ঝাউ, বাঁশ এবং পেঁপে গাছের মতো প্রজাতিও জন্মায়।
অভ্যন্তরীণ অঞ্চল: এই অঞ্চলে মিষ্টি পানির প্রভাব বেশি এবং এখানে মিঠা পানির গাছপালা বেশি জন্মায়।