শেখ মুজিবুর রহমান ও অন্যরা মিলে ভারতের ত্রিপুরা রাজ্যের আগরতলায় পাকিস্তানের অখণ্ডতার বিরুদ্ধে ষড়যন্ত্র করেছেন - এমন অভিযোগ এনে ১৯৬৮ সালের জানুয়ারিতে শেখ মুজিবুর রহমানসহ ৩৫ জনের বিরুদ্ধে রাষ্ট্রদ্রোহিতার মামলা করে পাকিস্তান সরকার। আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা নামে পরিচিত এই মামলাটির পূর্ণ নাম ছিল রাষ্ট্র বনাম শেখ মুজিবুর রহমান গং। মামলায় ১৯৬৮ সালের ১৭ জানুয়ারি প্রধান আসামি শেখ মুজিবুর রহমানকে গ্রেপ্তার করা হয়। গ্রেপ্তার করা হয় অন্যদেরও। অন্যতম আসামি সার্জেন্ট জহুরুল হককে জেলের মধ্যে হত্যা করা হলে ফুঁসে ওঠে সাধারণ মানুষ। শেখ মুজিব ও অন্যদের মুক্তির জন্য সর্বদলীয় ছাত্র সংগ্রাম পরিষদের ব্যানারে আন্দোলন গড়ে উঠে। আন্দোলনের ডাক দেন মওলানা আব্দুল হামিদ খান ভাসানী। সংগ্রামী জনতার তোপের মুখে পতন হয় আইয়ুবশাসনের, মুক্তি পান শেখমুজিবসহ অন্যবন্দিরা। আগরতলা মামলার বিরুদ্ধে প্রবল যে আন্দোলন গণঅভ্যুত্থানে রূপ নেয় তা আরো এক ধাপ এগিয়ে দেয় বাঙালির চূড়ান্ত মুক্তির সংগ্রামকে।