লাইসোসোমের এনজাইমসমূহ অম্লীয় পরিবেশে কর্মক্ষম হয় ; সাইটোপ্লাজমের নিউট্রাল pH এ এরা কর্মক্ষম থাকে না ; তাই কোষের তেমন কোনো ক্ষতি হয় না । প্রয়োজনের সময় সাইটোপ্লাজম থেকে প্রোটন এনে অম্লীয় পরিবেশ তৈরি করে এরা কাজ করে । এদের কাজ হলো -

(i) এরা ফ্যাগোসাইটোসিস পদ্ধতিতে জীবাণু ধ্বংস করে,

(ii) বিগলনকারী এনজাইমসমূহকে আবদ্ধ করে রেখে এটি কোষের অন্যান্য অঙ্গাণুকে রক্ষা করে,

(iii) লাইসোসোম অন্তঃকোষীয় পরিপাক কাজে সাহায্য করে,

(iv) তীব্র খাদ্যাভাবের সময় এর প্রাচীর ফেটে যায় এবং আবদ্ধকৃত এনজাইম বের হয়ে কোষের অন্যান্য অঙ্গাণুগুলো বিনষ্ট করে দেয় । এ কাজকে স্ব-গ্রাস বা অটোফ্যাগী । এভাবে সমস্ত কোষটিও পরিপাক হয়ে যেতে পারে । একে বলা হয় অটোলাইসিস ।

(v) এরা জীবদেহের অকেজো কোষসমূহকে অটোলাইসিস পদ্ধতিতে ধ্বংস করে বলে এদের আত্মঘাতী থলিকা বা স্কোয়াড (Suicidal bag or squad) বলা হয়,

(vi) কোষ বিভাজনকালে এরা কোষীয় ও নিউক্লীয় আবরণী ভাঙ্গতে সাহায্য করে,

(vii) এরা কোষে কেরাটিন প্রস্তুত করে,

(viii) ক্যান্সার সৃষ্টি করতে পারে,

(ix) টিস্যু বিগলনকারী অ্যাসিড ফসফেটেজ এনজাইম থাকে ।