হযরত খানজাহান (রঃ) কর্তৃক নির্মিত অপূর্ব কারম্নকার্য খচিত পাঁচ শতাব্দীরও অধিক কালের পুরাতন বিশালায়তন এ মসজিদটি তাঁর দরগাহ হতে প্রায় দেড় কিলোমিটার পশ্চিমে অবস্থিত। স্থাপত্য কৌশলে ও লাল পোড়া মাটির উপর লতাপাতার অলংকরণে মধ্য যুগীয় স্থাপত্য শিল্পে এ মসজিদ এক বিশেষ স্থান অধিকার করে আছে। যদিও ইহা ষাটগম্বুজ মসজিদ নামে পরিচিত, কিন্তু প্রকৃত পক্ষে চতুস্কোনের বুরম্নজের উপর চারটি গম্বু^জসহ এতে মোট ৭৪টি গুম্বজ আছে এবং মধ্যের সারির বাংলা চালের অনুরূপ ৭টি চৌচালা গম্বু^জসহ এতে মোট ৮১টি গম্বু^জ আছে। বিশেষভাবে লক্ষনীয় যে, এর প্রার্থনা কক্ষের চৌচালা ছাদ ও গম্বু^জগুলি ইট ও পাথরের ষাটটি খাম্বার দ্বারা সমর্থিত খিলানের উপর নির্মিত।

জনশ্রুতি আছে যে, হযরত খানজাহান (রঃ) ষাটগম্বু^জ মসজিদ নির্মাণের জন্য সমুদয় পাথর সুদুর চট্রগ্রাম, মতামত্মরে ভারতের উড়িষ্যার রাজমহল থেকে তাঁর অলৌকিক ক্ষমতা বলে জলপথে ভাসিয়ে এনেছিলেন। ইমারতটির গঠন বৈচিত্রে তুঘলক স্থাপত্যের বিশেষ প্রভাব পরিলক্ষিত হয়। এ বিশাল মসজিদের চতুর্দিকে প্রাচীর ৮ফুট চওড়া, এর চার কোনে চারটি মিনার আছে। দক্ষিণ দিকের মিনারের শীর্ষে কুঠিরের নাম রোশনাই কুঠির এবং এ মিনারে উপরে উঠার সিড়ি আছে। মসজিদটি ছোট ইট দিয়ে তৈরী, এর দৈর্ঘ্য ১৬০ফুট, প্রস্থ ১০৮ ফুট, উচ্চতা ২২ফুট। মসজিদের সম্মুখ দিকের মধ্যস্থলে একটি বড় খিলান এবং তার দুই পাশে পাঁচটি করে ছোট খিলান আছে। মসজিদের পশ্চিম দিকে প্রধান মেহরাবের পাশে একটি দরজাসহ মোট ২৬টি দরজা আছে। সরকারের প্রত্নতত্ত্ব ও যাদুঘর বিভাগ পুরাকীর্তি হিসেবে সংরক্ষণের জন্য এ ঐতিহাসিক মসজিদ এবং খানজাহান (রঃ) এর মাজার শরীফের দায়িত্বভার গ্রহণ করেছে । ইউনেস্কো এ মসজিদটি বিশ্ব ঐতিহ্য তালিকায় অমত্মর্ভূক্ত করেছে।